揭阳农垦局内设机构11个，分别为办公室（内设保密委员会办公室、计划生育办公室、信访办公室）、发展计划科（内设国土房产办公室，垦区公路建设养护管理办公室）、科技生产科（内设安全生产管理办公室、绿化委员会办公室）、企业管理科（内设国有资产管理办公室、外资项目办公室、经济研究室）、审计科、财务科（内设财务结算中心）、组织人事科（内设劳动工资科、宣传科、卫生、离退休人员管理）、社会事业管理科、保卫科、纪检监察科、工会。